一日，致力於研究化學X神祕物質的ユートニウム博士跟助手同時也是他兒子肯發現了一種新物質Z。這種物質發射出一道白光跟一道黑光，在東京城中放出。　　這道白光打到了初中一年級生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる這3個女孩身上，於是，3個飛天小女警誕生了！！　　與此同時，那道黑光打到了東京動物園裏。一座猴子山上的猴子變成了飛天小女警們的宿敵。小女警們將怎樣保衛這座城市呢？……