在與戈魯戈姆戰鬥後半年，本應取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝國打破。克萊西斯帝國的傑克將軍想拉攏南光太郎作爲部下，但光太郎不答應，於是傑克將軍便將其變身機能破壞。　　變身機能破壞的情況下，光太郎被扔往宇宙。在即將變爲宇宙塵埃的時候，光太郎被神祕的太陽光線照射，其體內的帝王石亦產生了變化，光太郎也因此變成了新生的光之王子·“太陽之子”假面騎士BLACK RX，並展開了與克萊西斯帝國的戰鬥。