本季描繪重返醫院的牧野醫生與升入初中的學生們的新篇章。藤野一希難以適應中學生活，父親突然帶回新母親與妹妹更令其家庭歸屬感崩塌；而順利完成心臟病手術的冴島直明升入新年級，雖立志成爲牧野醫生般的醫者，內心仍懷不安。此時，一名因病復發失去求生意志的少女出現在牧野面前。除原作劇情外，本季將新增原創角色故事線。