真壁一騎是個生長在對日本而言十分鄉下的龍宮島上的少年──對他來說，像這樣的和平是普通到不能在普通的狀況。但當由硅所構成的不明生物·異界體（Festum）開始攻擊龍宮島時，他纔開始注意到他現在所擁有的和平生活不過只是個被創造出來的假象。爲了取回自己的和平生活，他和同伴開始一起搭乘人類所創造出來的巨大兵器·法夫那（Fafner）和異界體戰鬥──在激戰的彼端，等待着他的是……