西曆5012年。突然入侵地球的＜外星人＞與其製造的＜機械生物＞導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，爲了奪回地球，利用＜人造人＞士兵展開反攻作戰。然而無限增加的＜機械生物＞阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。作爲最終兵器，人類派遣新型人造人＜寄葉＞部隊至地球。剛被派往地球的＜2B＞與先行調查員＜9S＞會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神祕難解的現象……。這是關於爲人類而戰，無生命＜人造人＞的故事－－PS：Automata指的是“自動人形”，別再機械紀元求求了。