《女校通緝令》講述了警局裏有名的倒黴兄弟“鼠標”和“鍵盤”，總是功勞沒份，投訴成堆，兩個人彼此看不順眼，一心想着能換掉這個倒黴的搭檔。處長答應他們如果成功破獲一次案子就考慮他們換搭檔的請求，於是二人自告奮勇的來到一所貴族女校擔任臥底去追查一起關於“面膜上癮”的案件。在接頭人Boos楊的支持下，兩人雖然烏龍不斷，但憑藉女性裝扮也得到不少便利，漸漸摸清線索，而與此同時，讓兩個倒黴兄弟驚訝的是，在這所學校內還隱藏了一起走私軍火案，在臥底查案中，二人摒棄成見，開始認真追尋線索……