「光明之心」的故事始於某一天，一位神祕少女輝夜在溫達利亞島的海岸上被男主角里克發現，其後更發現她的記憶和感情均已失去，而通過與島上居民進行心靈交流，輝夜也一點點地取回了感情。與此同時，本身和平的溫達利亞島卻引來了大量的海賊，原來這些海賊的目的都是想拿走輝夜頸上戴着的靈石。爲了幫輝夜取回她的記憶和感情，同時也爲了再次恢復溫達利亞的和平，同樣因爲某種原因漂流到了溫達利亞，並在島上的魔法麪包屋工作和生活着的裏克，決定與一同在麪包屋工作的三位女主角蕾麗絲、艾亞麗及亞米露一同展開冒險之旅。