半年前的一連串遭遇，徹底改變了三年級小學生高町奈葉（田村由香裏 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可愛的小夥伴尤諾·斯克萊亞（水橋香織 飾），並通過連番激戰與深鎖着無數祕密和煩惱的菲特·泰斯特羅莎（水樹奈奈 配音）成爲莫逆好友。新學期開始，菲特以小學生的身份轉入奈葉的班級，一切看似進入了平穩期。克就在某個毫無徵兆的夜晚，奈葉和菲特遭到手持暗之書的維塔（真田麻美 配音）等三名違法渡行者的襲擊，她們的魔導器也被破壞。　　新的危機，新的對手，一切朝着不可預知的方向發展……