在風之街“風都”，左翔太郎、拍檔菲利普以及所長鳴海亞樹子三人經營着偵探事務所。看似一片和平的風都背後，神祕組織在地下流通着能讓普通人變成Dopant的“惡之蓋亞存儲條”。而造成衆多離奇事件的神祕組織核心“園咲家”的每個人，都在風都有着很大的影響力。挑戰Dopant們引發離奇事件的翔太郎和菲利普兩人，使用六根“蓋亞存儲條”合體變身成假面騎士W，決然地對抗着園咲家族。　　園咲家族的目的到底是什麼？假面騎士W、菲利普神祕的過去又是什麼？隱含着衆多謎題，假面騎士W的戰鬥拉開帷幕……