神諭局特工高雲龍（阮頌揚飾）受命進入明朝，在尋找此前已去的好友曹小妹（陳嘉桓飾）的同時追查時空擾亂的組織陰謀，同時幫助，從而陷入東林書院與東廠的紛爭，東林書院成員接二連三遭到謀殺，然而對兇手的查找卻毫無線索，書院大哥葉敬卿（宋庭雋飾）最終稟明朝廷，讓皇上下令徹查誰在蠱惑人心，並直指東廠。至此，一場浩大愁情以正義收官，高雲龍則留於明朝繼續事業。