原作ライトノベルは中高生を中心に絶大な人気を誇り、テレビアニメも大好評の「灼眼のシャナ」。初映畫化となる本作では、原作小説の第1巻を基に、主人公の悠二と少女シャナとの出會いや、異世界から來た化け物・紅世の徒との戦いの始まりを描く。高校生の悠二は、人の“存在”を燈りに変えて喰らう化け物・紅世の徒に襲われたところを、紅蓮の髪と眼を持つ謎の少女に救われる。しかし彼は、自分がすでに“存在”していないことを知らされ……。